A organização do Sistema Nacional de Gás Natural assenta fundamentalmente na exploração da rede pública de gás natural, constituída pela Rede Nacional de Transporte, Instalações de Armazenamento e Terminais de GNL e pela Rede Nacional de Distribuição de Gás Natural.
A actividade de transporte de gás natural é exercida mediante a exploração da Rede Nacional de Transporte de Gás Natural, que corresponde a uma única concessão do Estado. O Operador da rede transporte é também responsável pela Gestão Técnica Global do SNGN, reunindo as competências para assegurar a gestão eficiente do SNGN, a coordenação do funcionamento das infra-estruturas do sistema e a cooperaçao com o operador da rede de transporte interligadada.
A distribuição de gás natural processa-se através da exploração da Rede Nacional de Distribuição de Gás Natural, mediante atribuição pelo Estado de concessões de serviço público, exercidas em exclusivo e em regime de serviço público, bem como por licenças de distribuição em redes locais autónomas, não ligadas ao sistema interligado de gasodutos e redes, igualmente exercidas em exclusivo e em regime de serviço público.
A actividade de comercialização de gás natural é livre, ficando, contudo, sujeita a atribuição de licença pela entidade administrativa competente.
No exercício da sua actividade, os comercializadores podem livremente comprar e vender gás natural. Para o efeito, têm o direito de acesso às instalações de armazenamento e terminais de GNL, às redes de transporte e às redes de distribuição, mediante o pagamento de uma tarifa regulada.
O funcionamento do SNGN para o período abrangido pelo ano gás 2008-2009 e o 1.º semestre do ano gás 2009-2010 (Julho a Dezembro de 2009) foi caracterizado pela ERSE através do “Relatório de Funcionamento do SNGN”, elaborado em Maio 2010.