A estrutura orgânica da ERSE é composta pelos seguintes órgãos:
- Conselho de Administração (órgão que toma as decisões e representa a ERSE)
- Conselho Consultivo Os seus membros são representantes de consumidores, de empresas,
- Conselho Tarifário de entidades públicas. Emitem pareceres
- Fiscal Único (órgão que controla a gestão financeira e patrimonial da ERSE)
A ERSE exerce as suas funções através de diversas unidades orgânicas, de carácter técnico, coordenadas por uma Direcção Geral de Regulação, a saber: Direcção de Custos e Proveitos, Direcção de Infra-estruturas e Redes, Direcção de Mercados e Consumidores e Direcção de Tarifas e Preços. Estas unidades orgânicas de regulação e todo o funcionamento da ERSE são apoiados por uma Direcção de Serviços Jurídicos, uma Direcção de Sistemas de Informação e uma Direcção de Recursos Humanos e Financeira. A ERSE dispõe ainda de um serviço de Apoio ao Consumidor de Energia (ACE), um Centro de Documentação e um Departamento de Comunicação.